AMAN dipimpin oleh Sekretaris Jenderal dan Dewan AMAN Nasional yang dipilih oleh Kongres Masyarakat Adat Nusantara. Dewan AMAN Nasional anggota mewakili tujuh region AMAN, yaitu Sumatera, Jawa, Kalimantan, Bali-Nusa Tenggara, Sulawesi, Maluku, dan Papua. Setiap region diwakili oleh dua orang, satu laki-laki dan satu perempuan.

Sekretaris Jenderal AMAN didukung oleh satu orang staf khusus dan tiga orang deputi yang masing-masing menanggungjawabi urusan Organisasi, Komunikasi, dan Sumber Daya; Advokasi Kebijakan, Hukum, dan Politik; serta Pemberdayaan dan Pelayanan Masyarakat Adat. AMAN tingkat wilayah ditanggungjawabi oleh Pengurus Wilayah dan tingkat daerah ditanggungjawabi oleh Pengurus Daerah. Proses pengambil keputusan tertinggi di tingkat wilayah dipegang oleh Dewan AMAN Wilayah, sedangkan di tingkat daerah dipegang oleh Dewan AMAN Daerah.

Seluruh struktur AMAN menjalankan mandat yang ditentukan oleh Kongres Masyarakat Adat Nusantara.